En sus orígenes el Balonmano Ciudad Encantada se denominó Madrid-Cuenca, corría el año 1989 y el club se convertiría desde entonces en el equipo representativo de Cuenca en el balonmano.
La liga fue muy dura y el Cuenca intentó salvarse hasta la última jornada en la que se medía al Teucro por evitar el descenso. Finalmente, el equipo manchego no pudo imponerse y tras el triunfo del equipo gallego el club descendió de categoría.
La temporada 1995-1996 fue bastante desafortunada para el club, y es que, después de haber obtenido la permanencia en el terreno de juego, finalmente no se pudo mantener la categoría debido a los continuos problemas económicos que le llevaron al borde de la desaparición.
Hasta la 1997-98 el equipo militó en la División de Honor B, momento en el que el club vuelve a cambiar de denominación hasta llamarse Balonmano Ciudad Encantada y en el último año de la década se desciende de categoría, privilegio que no se recuperaría hasta la temporada 2005-2006.
El época dorada del club empezó en la temporada 2006-2007 momento en el que el club adquirió los derechos del filial del Granollers y, a partir de ahí, construyó un equipo muy competitivo que no dejó de progresar y que acabó materializando el ascenso apenas una temporada más tarde. La Liga Asobal había llegado a Cuenca y sería para quedarse.
La comunión entre la grada y el equipo era latente y el pabellón se abarrotaba por completo en cada choque que debía de disputarse en El Sargal. Cuenca, que nunca tuvo un equipo representativo en fútbol, vio como el balonmano pasaba a convertirse en el orgullo de todos los ciudadanos y las hazañas y las victorias del Balonmano Ciudad Encantada, llamado Cuenca 2016 por motivos de patrocinio llenaban de orgullo a la ciudad.
Fue así como en la temporada 2011-2012 el Balonmano Ciudad Encantada después de acabar sexo en la competición fue invitado a participar en Europa.
Sin embargo, para ello necesitaba solventar sus problemas económicos los cuales, pese a intentarlo desde todas las formas posibles resultó ser todo un imposible y el equipo de Cuenca tuvo que renunciar a dicha invitación.
Los problemas económicos, además, provocaron la marcha de grandes jugadores importantes como Paván, Kapellin, Ionut y Capote. El equipo vio reducidas sus opciones de alcanzar los puestos europeos y la temporada 2012-2013 finalizó con un décimo puesto que dejó un sabor agridulce, especialmente por la cercanía con respecto a los puestos de descenso.
europeos y la temporada 2012-2013 finalizó con un décimo puesto que dejó un sabor agridulce, especialmente por la cercanía con respecto a los puestos de descenso. Sin embargo, los puestos europeos fueron a parar a manos del Ademar de León quienes con 7 puntos más se ganaron a pulso dicho merecimiento.
Fue así como se llegó a la temporada 2014-2015, quizás la de más sufrimiento de los últimos años en los que el Globalcaja Ciudad Encantada se salvó con la pírrica distancia de dos puntos
En aquella histórica campaña Europa el Liberbank Cuenca logró imponerse por 54-71 en resultado global al equipo belga del Achilles Bocholt en la tercera ronda de las rondas previas de clasificación. Gracias a ello el equipo pudo clasificarse para la fase de grupos en la que, por desgracia, no pudo pasar el corte finalizando con un balance
de 1-0-5 pero habiendo ganado en su estadio al TTH Holstebro por 26-24 siendo hasta ahora uno de los grandes hitos del club de Cuenca hasta la fecha.
Aquel año, en liga los números fueron ligeramente peores y eso provocó que el equipo acabase la temporada octavo con los mismos puntos que el Club Balonmano Huesca que sí clasificó para Europa, pero con el golaveraje particular perdido.
Temporada 2022/2023 subcampeón de liga, además, por primera vez juega Copa ASOBAL, clasificándose a la misma por estar entre los primeros cuatro equipos al finalizar la primera vuelta. Gracias a ese Segundo puesto, juega por cuarta vez en Europa.